วัดนาคปรกตามประวัติเล่าสืบกันว่า เมื่อสมัยอยุธยาตอนปลาย-กรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้น (รัชกาลที่ ๓-๔) มีพ่อค้าเรือสำเภาชาวจีน ชื่อ พระบริบูรณ์ธนากร (เจ้าสัวพุก แซ่ตัน) เดินทางมาประกอบการค้าขายที่พระนคร ฝั่งธนบุรี ย่านตลาดพลู เจ้าสัวพุก เป็นผู้มีศรัทธาเลื่อมใสยิ่งในพระพุทธศาสนา มีฐานะดีพอที่จะเกื้อกูลประโยชน์แก่คนอื่น จึงได้คิดริเริ่มก่อสร้างวัดขึ้น เพื่อใช้เป็นสถานที่ประกอบพิธีกรรม กิจกรรม และศาสนกิจทางพระพุทธศาสนา อีกประการหนึ่ง เพื่อเป็นการตอบแทนคุณชาวไทยที่ทำให้การค้าขายของตนเติบโตก้าวหน้า